El Centro de Investigaciones (CI) es uno de los brazos de investigación del INCAE. Tiene como principal objetivo la investigación y publicación de temas de alta relevancia para los gerentes de América Latina. Se inició en 1963, año en que el Profesor George Lodge de la Harvard Business School (HBS), acompañado de 9 investigadores, hicieron investigación y escribieron los primeros casos en Centroamérica. Desde entonces el CI ha publicado más de 3.500 casos de estudio, notas técnicas y ejercicios. En los últimos años el CI ha producido un promedio de 80 casos por año y en su inventario cuenta además con una colección de más de 14.000 casos de la HBS y de otras prestigiosas escuelas de negocios del mundo. El Centro funciona bajo la dirección del Decano del INCAE y en su estructura cuenta con investigadores de planta (o permanentes) y contratados temporalmente. Las investigaciones son dirigidas por profesores de la Facultad del INCAE y están enfocadas sobre diversos aspectos de la realidad empresarial latinoamericana. El conocimiento de primera mano, obtenido en las investigaciones, enriquece las Maestrías y Seminarios dictados por el INCAE.
El Centro de Investigaciones tiene investigadores temporales contratados en todo momento, para los distintos proyectos en curso. Estos son contratados de acuerdo a la naturaleza específica de las investigaciones.